Biologische mestverwerking is de meest voorkomende manier om het mestoverschot aan te pakken. Hierbij wordt de ruwe mest eerst gescheiden waarna de nitraat-N in de dunne fractie aan de hand van natuurlijke bacteriën in een biologie wordt omgezet in het onschadelijke stikstofgas. Indien gewenst kunnen de dikke fractie en/of effluent ook nog verder behandeld worden.